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國家公務員醫療補助經費分別用于個人賬戶、門診醫療費、住院醫療費的補助。
(1)個人賬戶的補助，由醫保中心以上年度工作人員本人工資總額或退休人員退休金為基數，分別按2%和1%的比例劃入。
(2)門診醫療費的補助，分兩種情況：一是在職職工患經醫保中心認定的長期慢性病，在指定定點醫療機構就醫的門診醫療費，首先使用個人賬戶，個人賬戶用完且年度個人自付醫療費超過500元的部分，由醫療補助基金支付90%；二是退休人員在指定定點醫療機構就醫的門診醫療費，個人賬戶用完且年度個人自付醫療費超過300元的部分，由醫療補助基金支付90%。
(3)住院醫療費的補助，分三種情況：一是用于參加基本醫療保險人員住院(含急診搶救、惡性腫瘤門診放（化）療、門診白內障超聲乳化、慢性腎功能不全門診透析及臟器移植后門診使用抗排斥反應藥物)的起付標準的補助，每人每年200元；二是用于參加基本醫療保險人員住院醫療費超過起付標準后，未超過基本醫療保險統籌基金支付醫療費的最高限額部分的補助，在基本醫療保險規定的統籌基金報銷比例的基礎上，起付標準以上至5000元部分和5000元至10000元部分統籌基金報銷比例均提高5個百分點，10000元以上至統籌基金支付醫療費的最高限額以內部分統籌基金報銷比例提高2個百分點；三是用于參加基本醫療保險人員住院醫療費超過基本醫療保險統籌基金支付醫療費的最高限額后的補助，由醫療補助基金支付90%，按年度計算，醫療補助基金支付醫療費的最高限額為15萬元。
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